土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取

摘要：

建立了一种土壤DNA提取方法.根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Lab method),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解.进一步应用PCR-限制性片段长度多态性(Restrictionfragmentlength polymorphism,RFLP)技术及PCR-温度梯度凝胶电泳(Temperature gradient gel electrophoresis,TGGE)技术,结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法(Lab method)得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒(Mo Bio UltraClean Soil DNA Kit和Bio 101 FastDNA SPIN Kit(For Soil))所得DNA的各种指标进行了比较.结果表明,手提方法(Lab method)的粗DNA产量低于Bio 101 Kit的,但高于Mo Bio Kit的.这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Lab method提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切.手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA.并且,手提方法所得DNA的细菌16S rDNA和真菌18S rDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16S rDNA V3区和真菌28S rDNA片段的PCR-TGGE 图谱上都存在一定差异,主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上.这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成.总之,手提DNA方法(Lab method)所用试剂普通,价格便宜,能在4 h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作.

关键词：土壤DNA提取、DNA质量、PCR扩增、限制性片段长度多态性分析、温度梯度凝胶电泳分析

所属期刊栏目：24

分类号：S151.9(土壤学)

资助基金：国家高技术研究发展计划（863计划）;上海市科技兴农项目

在线出版日期：2005-11-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：854-860