基于GEO数据库的溃疡性结肠炎和克罗恩病的生物信息学分析

摘要：

目的 通过生物信息学方法寻找并分析溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)和克罗恩病(Crohn's dis-ease,CD)的差异基因,从而在基因水平上为鉴别UC和CD提供新的理论基础.方法 从Gene Expresion omnibus(GEO)数据库下载GSE75214 基因芯片,利用GEO2R在线分析及交叉分析得到UC和CD的共有差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)和特有DEGs;并对这些基因进行功能富集分析、蛋白互作网络分析,并筛选关键基因.结果 UC和CD中共有DEGs 37 个,UC特有DEGs 61 个,CD特有DEGs 16 个.UC和CD共有DEGs参与的生物过程主要富集在炎症反应、对脂多糖反应、免疫反应等方面,在细胞组成方面主要富集在细胞外外泌体、细胞外空间等部位,在分子功能方面主要富集于钙离子结合、血红素结合等方面,参与通路主要富集于IL-17 调控信号通路等;UC特有DEGs在生物过程方面主要富集在内肽酶活性的负调控,在细胞组成方面主要富集在质膜,在分子功能上主要富集于丝氨酸内肽酶抑制剂活性,在通路主要富集于代谢通路;而CD特有DEGs在生物过程主要富集在蛋白水解,在细胞组成上主要富集在细胞外空间及细胞外区域,在分子功能上主要富集于清道夫受体活性,在通路上主要富集于细胞因子及细胞因子受体相互作用.筛选出UC和CD共有DEGs和特有DEGs中的 10 个关键基因.结论 本研究提示UC和CD是同一种疾病的不同表现形式,为UC和CD在基因分子水平上的异同提供了理论依据;关键基因的筛选及比较,为进一步诊断和鉴别两者在基因水平上提供了新方向,并有望成为两者的鉴别诊断标志物.

关键词：炎症性肠病、溃疡性结肠炎、克罗恩病、GEO数据库、生物信息学分析

所属期刊栏目：45

分类号：R574(消化系及腹部疾病)

在线出版日期：2023-05-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：143-150