利福平对耻垢分枝杆菌基因的调控

摘要：

目的 探讨利福平(RIF)对耻垢分枝杆菌(MS MC2155)转录组表达的影响.方法 以RIF的1/2最小抑菌浓度(MIC)处理的MS MC2155菌株为实验组,用相同稀释倍数的DMSO处理MS MC2155菌株作为对照组,于摇床内37℃培养72 h后,用Trizol试剂提取各组MS MC2155的总RNA,通过Illumina Hiseq 3000测序平台进行全转录组测序,采用Bowtie 2软件比对测序结果,用MS MC2155标准菌株的参考基因组对样本基因进行注释,通过倍数差异分析,筛选获得RIF作用前后的差异基因(different expression gene,DEG),最后用GO及KEGG数据库注释上述获得的DEGs.结果 DEG分析显示,在RIF处理后发现了832个DEGs(P≤0.05,|log2FC|≥1),其中457个基因上调(54.93％),375个基因下调(45.07％).GO富集分析结果显示,DEGs(nuoF、nuoB和sigM)主要涉及氧化还原酶活性、呼吸链复合物等细胞与分子方面的功能,以及外来生物刺激、共生体调节等生物学过程.KEGG富集分析显示,DEGs(cspA、sigM、nrdB、gmk、nuoF、nuoB和mysB)主要集中在万古霉素耐药、氧化磷酸化、核苷酸代谢和酪氨酸代谢等通路.STRING分析结果显示,共有371个基因编码的蛋白质存在相互作用,其中处于中心节点的蛋白的基因包括mysB、pheT和guaB.结论 经转录组测序发现,RIF既能影响MS MC2155中sigM、mysB等RNA合成基因的表达;又能抑制其nrdB、gmk和guaB DNA合成基因的表达,进而阻断其DNA和蛋白的合成.

关键词：利福平、耻垢分枝杆菌、转录组、差异基因、结核病、耐药性

所属期刊栏目：43

分类号：R37;R91(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：国家自然科学基金;西部之光"人才培养计划;宁夏医科大学校级项目

在线出版日期：2021-06-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：461-468