基于生物信息学分析骨肉瘤转移的关键基因及预后

摘要：

目的:通过生物信息学分析筛选出骨肉瘤转移的关键基因,探讨骨肉瘤转移潜在的机制和关键标志物.方法:从TARGET数据库中下载骨肉瘤基因表达谱和临床信息数据,采用R软件的"limma"包筛选骨肉瘤转移组和非转移组的差异基因(Difference genes,DEGs),对差异基因运用R软件的"clusterProfiler"包进行基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析,了解 DEGs 富集的分子功能及通路,采用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(Protein-Protein inter-action network,PPI)网络,采用Cytoscape软件对DEGs进行相关性分析,找出与骨肉瘤转移进展最相关的核心基因(Hub gene);对Hub基因进行Kaplan-Meier(K-M)生存分析,明确和验证Hub基因与骨肉瘤患者预后之间的关系,筛选出对预后具有意义的关键基因.结果:分析出248个有差异表达的基因,其中上调18个、下调230个差异基因,GO分析发现主要涉及肌肉组织、器官、系统的发育和横纹肌组织发育,KEGG信号通路主要参与肌动蛋白细胞骨架的调节、Ras信号通路、PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路,通过PPI网络分析筛选得到20个关键基因,生存分析显示PLCB4的高表达与骨肉瘤患者的不良预后显著相关.结论:PLCB4可能参与骨肉瘤转移,并与预后显著相关,可能成为骨肉瘤患者预后和治疗的潜在靶点.

关键词：骨肉瘤、转移、生物信息学、PLCB4、预后

所属期刊栏目：45

分类号：R738.1(肿瘤学)

资助基金：石河子大学校级课题项目ZZZC201818A

在线出版日期：2023-07-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：119-125