生物信息学方法分析CLDN9基因在子宫内膜癌中表达对生存率的影响

摘要：

目的:通过生物信息学方法分析子宫内膜癌(UCEC)中与肿瘤微环境(TME)相关的核心基因.方法:从UCSC Xena数据库下载TCGA 数据库中的UCEC 基因表达和临床数据.通过R 软件中的ESTI-MATE包计算样本的免疫细胞与基质细胞综合评分(ESTIMATE Score),将样本分为ESTIMATE Score高、低两组,分析组间差异基因(DEGs),对DEGs进行富集分析.再对DEGs进行加权基因共表达网络分析(WGC-NA),得到核心基因模块.分析核心模块基因在肿瘤和正常组织中的表达情况,结合DEGs在UCEC及子宫内膜组织中的表达水平及差异程度选取研究的目的基因.通过String数据库构建目的基因的蛋白互作网络,分析目的基因的表达与UCEC的病理特征、生存预后、TME之间的相关性.对目的基因进行GSEA富集分析,分析与目的基因表达相关的生物学通路.结果:ESTIMATE Score高、低组间共有 1068 个DEGs,GO/KEGG富集分析结果显示DEGs主要富集在细胞免疫反应、细胞因子及受体结合等相关生物学通路上.对DEGs进行WGCNA聚类分析得到与UCEC的病理特征、生存预后显著相关的由 77 个DEGs组成的基因模块.模块基因中的CLDN9 在UCEC与正常内膜组织中存在显著表达差异,且随着UCEC的病理特征的恶化,CLDN9 的表达呈上升趋势,同时CLDN9 的表达与患者的生存呈负相关.String数据库预测了10 个可能与CLDN9 存在交互作用的蛋白分子.GSEA富集分析结果显示,CLDN9 的表达与CD8+T细胞免疫、KRAS基因调节的信号通路、异生代谢、脂肪酸代谢等通路密切相关.在UCEC的TME中,CLDN9 的表达与CD8+T细胞等免疫细胞的浸润水平存在着负相关.结论:本研究分析鉴定了与UCEC病理特征、生存预后、TME相关的DEGs,并从中进一步分析鉴定出了与UCEC的病理分期、免疫浸润、患者生存率密切相关的CLDN9,为UCEC的诊断治疗提供了新思路.

关键词：CLDN9 基因、子宫内膜癌、肿瘤微环境、生物信息学

所属期刊栏目：42

分类号：R737.33(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金;杨浦医院院级课题;杨浦医院晨光计划项目

在线出版日期：2023-06-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：169-180