基于SNP标记的广东省松材线虫种群分化研究

摘要：

[目的]运用SNP标记研究中国广东省松材线虫虫株SNP位点多样性,从分子角度探讨广东省不同地区松材线虫种群的亲缘关系,为松材线虫病的疫源追溯提供基础.[方法]收集来自于广东省各地区松材线虫虫株共30株,提取DNA并进行基因组重测序;利用生物信息学软件分析广东省松材线虫的SNPs位点信息及基因型类型,依据以上信息进行种群聚类分析.[结果]对30株松材线虫虫株SNPs数据进行统计分析,发现GD01、GD09、GD12、GD20、GD22、GD24、GD25这7株虫株的SNP数量、纯合子数量都明显少于其余23株虫株;对基因型类型进行统计分析发现,以上7株虫株出现频率较高的基因型为A->G、C->G、G->C、T->C;其余23株虫株则是A->G、C->T、G->A、T->C这4种基因型出现的频率较高.而通过主成分和聚类分析可将这30株虫株分为3类.[结论]广东省松材线虫种群遗传多样性较高,聚类分析表明其具有不同的传播来源.

关键词：松材线虫、高通量测序、SNP、聚类分析、广东省

所属期刊栏目：43

分类号：S763(森林保护学)

资助基金：国家重点研发计划;国家自然科学基金

在线出版日期：2019-12-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：25-31