全基因组预测樟疫霉的候选效应分子

摘要：

为了更好地研究樟疫霉的致病机制及防治方法，笔者基于病原菌效应分子具有的典型特征，利用SignalP、ProtComp、TMHMM、big?PI Fungal Predictor和TargetP等生物信息学预测程序对樟疫霉中328457条蛋白质序列进行候选效应分子找寻，发现该菌含有3439个小分子分泌蛋白，同时，对上述蛋白进行冗余性、半胱氨酸数量以及信号肽长度等性质进行分析。结果表明：上述分泌蛋白中存在较多的冗余性蛋白，所占比例为50％以上，并以含有1～10个半胱氨酸、17～26个氨基酸信号肽的分泌蛋白居多。另外，利用卵菌中效应分子所具有的保守基序RXLR，对拥有唯一氨基酸序列的1549个分泌蛋白进行基序找寻，明确樟疫霉中存在160个候选效应分子。通过上述生物信息学分析方法可实现樟疫霉候选效应分子的预测。

关键词：樟疫霉、候选效应分子、全基因组、分泌蛋白

分类号：S763(森林保护学)

资助基金：云南省优势特色重点学科生物学一级学科建设项目;云南省高校林下生物资源保护;利用科技创新团队项目;云南省教育厅科研项目;西南林业大学校级科研专项

在线出版日期：2015-04-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：69-74