油茶基因组微卫星特征分析

摘要：

对油茶基因组约10％覆盖度的DNA序列进行微卫星查找,共获得11344个重复单元长度为1～6碱基的微卫星.在此基础上,通过对这些微卫星序列分析发现:在油茶基因组中长度为二核苷酸的微卫星重复单元最为丰富,占27.1％；在单碱基重复和二碱基重复这两种类型中,最主要的优势重复单元分别是A/T以及AT/TA、AG/TC.三碱基、四碱基、五碱基重复类型中,(AAN)n、(AAAN)n和(AAAAN)n为对应的优势重复单元,这些优势重复单元中富含碱基A和T.油茶基因组中变异程度高的微卫星(长度≥20 bp)约占11.7％.分析还发现,除单核苷酸重复微卫星外,油茶基因组微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关,即油茶基因组中长度较短的微卫星变异速率较快,而较长的重复单元变异速度较慢,相对较为稳定.

关键词：油茶、微卫星、重复单元、长度变异

所属期刊栏目：36

分类号：S722(造林学、林木育种及造林技术)

资助基金：国家林业局林业公益性行业科研专项项目200904002

在线出版日期：2012-08-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：47-51