二氯甲烷脱卤酶中二氯甲烷和谷胱甘肽解离途径的表征

摘要：

二氯甲烷(DCM)脱卤酶是在多种环境和生物背景下参与二氯甲烷降解的关键酶.然而,对DCM脱卤酶的配体解结合途径的研究尚不清楚.为了深入地了解DCM和谷胱甘肽(GSH)在DCM脱卤酶中的结合位点和解离途径,采用随机加速分子动力学(RAMD)模拟,驱动DCM和GSH离开活性部位.利用Alphafold2预测蛋白结构,通过对接预测GSH和DCM在结合口袋中的构象.通过长时间的平衡模拟验证该蛋白配体复合物的结构.结果表明,GSH在三种主要途径中最常见,其中一种比另外两种更重要.此外,模拟观察到DCM有一条独特的逃逸途径,鉴定了每个通路的关键残基和蛋白螺旋.该结果可为后续研究DCM脱卤酶解离机理提供理论基础.

关键词：二氯甲烷脱卤酶、谷胱甘肽、Alphafold2、随机加速分子动力学、解结合途径

所属期刊栏目：60

分类号：O643(物理化学（理论化学）、化学物理学)

在线出版日期：2024-09-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：651-660