计算最大堆迭的RNA二级结构预测算法

摘要：

RNA二级结构预测用于蛋白质功能分析,在生物信息学研究中具有重要意义.提出了一个时间复杂度为O(n2)的基于Greedy算法思想的算法.基于"堆迭结构相对稳定"的RNA分子结构特征,算法思想为计算具有最多堆迭的RNA二级结构.用VC++编程实现了该算法,采用PseudoBase的RNA分子片段进行了计算实验,结果表明该算法具有良好的准确度.该算法可预测RNA分子的嵌套二级结构和伪结点二级结构.

关键词：RNA二级结构、伪结点、NPC、动态规划、热动力学

所属期刊栏目：41

分类号：TP301(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金60273032

在线出版日期：2008-05-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：532-537