基于卵形鲳鲹基因组重测序的InDel标记挖掘与耐低氧性状关联分析

摘要：

卵形鲳鲹(Trachinotusovatus)是高耗氧率的鱼类,低氧极易导致其死亡.筛选其耐低氧性状InDel分子标记并挖掘影响耐低氧性状的功能基因,可为选育具有较强耐低氧能力的卵形鲳鲹提供有益指导.利用全基因组重测序技术分析了卵形鲳鲹基因InDel差异,挖掘卵形鲳鲹与耐低氧性状显著关联的InDel位点,并探讨了与耐低氧性状相关的候选基因.结果表明,测序共获得693.48 Gb数据,其中Q30的平均值为90.8％,注释分析发现了共2 574 178个InDel位点.敏感组50尾卵形鲳鲹所特有的InDel共249 395个,其中2 209个位于外显子上,在核苷酸切除修复信号通路和细胞黏着分子中存在变异基因.将InDel位点与耐低氧性状关联分析发现,3个InDel位点(InDel 22883061、InDel 24919481和InDel 14451779)接近显著性阈值,注释分析获得了9个候选基因.筛选到的InDel位点对后期分子标记选择育种的选择和鉴定有重要价值,注释到的候选基因为卵形鲳鲹耐低氧的机理研究提供了基础和依据.

关键词：卵形鲳鲹、InDel、重测序、耐低氧性状

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分类号：S917.4(水产基础科学)

资助基金：国家自然科学基金;国家海水鱼产业技术体系项目;国家重点研发计划;中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项

在线出版日期：2023-01-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：100-109