上皮细胞型与混合型葡萄膜黑色素瘤的生物信息学分析

摘要：

目的:通过生物信息学方法分析上皮细胞型和混合型葡萄膜黑色素瘤之间的差异表达基因及关键基因.方法:自GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE22138,从中筛选出上皮细胞型和混合型葡萄膜黑色素瘤之间的差异基因,通过DAVID数据库对差异基因行功能富集分析;通过STRING及Cytoscape构建蛋白-蛋白互作网络并从中找出关键基因;cBioportal构建关键基因的协作基因网络;应用GEPIA数据库对关键基因进行生存分析.结果:本研究共筛选到符合条件的差异基因241个.其中下调的基因116个和上调的125个.差异基因功能主要富集于细胞粘附、药物反应、凋亡的调控以及内皮细胞的增殖等方面.共筛选出10个关键基因,生存分析显示这些关键基因与葡萄膜黑色素瘤的预后有关.结论:通过生物信息学方法对差异基因和关键基因进行分析,有助于阐释上皮细胞型和混合型葡萄膜黑色素瘤不同生物学特征及其机制.

关键词：黑色素瘤、葡萄膜肿瘤、差异表达基因、基因芯片、富集分析、蛋白-蛋白互作网络、生存分析

所属期刊栏目：20

在线出版日期：2020-04-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：300-306