基于粗粒化的流感病毒蛋白进化树构建

摘要：

在127065条血凝素、神经氨酸酶流感病毒蛋白基础上，提出基于粗粒化的病毒蛋白进化树的构建方法。首先基于病毒蛋白序列特征，给出序列间相似性度量，提取流感病毒系统层次递阶结构，并定义层次聚类指标，确定最佳聚类数。然后基于距离中心最近的原则提取流感病毒系统代表。最后采用距离度量构造流感病毒进化树。实验表明，相同流感病毒具有宿主相同、时间跨度较小、爆发地点相近，更倾向于处于相同分支的特点，这与已有的文献吻合，因此该方法有利于挖掘病毒变异轨迹。

关键词：流感病毒、进化树、粗粒化、结构聚类、大数据处理

所属期刊栏目：29

分类号：TP391;O29(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金项目11371174;国际科技合作研究项目No.2011DFR70500资助Supported by National Natural Science Foundation of China11371174;International Science and Technology Cooperation Program of China2011DFR70500

在线出版日期：2016-11-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：936-942