陆地棉LTPG基因家族的全基因组鉴定及表达分析
[目的]从陆地棉全基因组范围内鉴定糖基磷脂酰肌醇锚定的脂质转运蛋白(glycosylphosphatidylinositol-anchored lipid transfer protein,LTPG)基因,为后续研究提供支撑.[方法]利用生物信息学方法从陆地棉TM-1基因组中筛选鉴定LTPG基因家族成员,并对其编码蛋白的理化性质、系统进化关系、基因复制、基因结构和启动子区的顺式作用元件等进行预测分析.利用转录组数据结合实时定量聚合酶链式反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)分析LTPG基因在不同组织器官和非生物胁迫下的表达模式.在烟草叶片中采用瞬时转化法检测目标蛋白的亚细胞定位情况.[结果]在陆地棉基因组中共鉴定到 95 个GhLTPG基因,系统发育分析将这些GhLTPG蛋白聚为 5 类.片段复制是GhLTPG基因家族扩张的主要原因.Ka/Ks分析表明GhLTPG基因经历了强烈的纯化选择.转录组数据分析表明,部分GhLTPG基因响应低温、高温、盐和干旱胁迫.表达分析结果显示,GhLTPG11/14/52/62基因响应低温、高温、盐及干旱胁迫,GhLTPG24/56响应低温、盐及干旱胁迫.亚细胞定位试验表明,GhLTPG24 和GhLTPG62 蛋白均定位于细胞膜.[结论]在陆地棉中鉴定到 95 个GhLTPG基因,部分GhLTPG基因响应低温、高温、盐和干旱等非生物胁迫,为深入解析GhLTPG基因功能奠定了基础.
陆地棉、LTPG、基因家族、系统进化、表达模式
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S512.1;S651;Q966
山西省自然科学研究面上项目;棉花生物学国家重点实验室开放课题;山西省重点实验室开放基金;新疆维吾尔自治区博士后和高层次人才柔性人才
2023-05-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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