利用高通量测序技术鉴定棉纤维发育相关miRNAs及其靶基因

摘要：

miRNA (microRNA)是一类21～24个核酸长度的非编码小分子RNA(sRNA),它主要通过抑制或降解靶基因来调控植物生长发育等过程.试验利用在纤维长度上有显著差异的2个回交自交系BILs (Backcross inbred lines)的0DPA (Days post anthesis)、3 DPA的胚珠和10 DPA的纤维构建6个sRNA文库并进行Solexa 测序.以已公布的棉花D5基因组序列和棉属其他序列为参考,经分析共发现561个miRNAs,其中包括254个已知的miRNAs(属于40个miRNA家族),75个候选的miRNAs和232个新的miRNAs,研究结果极大地丰富了棉属miRNAs.通过miRNA靶基因预测分析发现多数miRNAs负调控其对应的靶基因,少数正调控.KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)注释结果表明miRNA的靶基因在植物激素代谢途径中显著富集.

关键词：棉花miRNA、高通量测序、棉花D5基因组、靶基因预测

所属期刊栏目：25

分类号：S562.035.3(经济作物)

资助基金：国家973计划项目2010CB126006;棉花生物学国家重点实验室基金CB2013C08

在线出版日期：2013-10-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：300-308