偃松内参基因PpEF-1α的生物信息学分析

摘要：

[目的]寻找偃松种子萌发过程的内参基因,为研究偃松种子萌发过程提供必要的分子生物学基础,丰富偃松基因资源.[方法]利用偃松种子萌发RNA-Seq数据和Genbank数据库对比筛选偃松EF-1α基因,通过生物信息网站及软件对其进行生物信息学分析.[结果]得到一条偃松EF-1α基因,命名为PpEF-1α.该基因具有完整的开放读码框(ORF),ORF长1 344??bp,编码447个氨基酸,其氨基酸序列与挪威云杉EF-1α氨基酸序列(GenBankID:CAC27139.1)相似度最高,可达97.46%. PpEF-1α基因存在一个PTZ00141超家族位点.该基因编码的蛋白为亲水性稳定蛋白,具有α螺旋、延伸链以及无规则卷曲二级结构.根据实验室前期转录组分析结果显示,PpEF-1α基因在此过程中稳定表达.[结论]找到偃松种子萌发过程中的一个内参基因PpEF-1α,但其表达趋势有待于进一步的实验验证.

关键词：偃松、EF-1α基因、内参基因、生物信息学

所属期刊栏目：2

分类号：S722.3(造林学、林木育种及造林技术)

资助基金：林木遗传育种国家重点实验室开放基金;中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金

在线出版日期：2020-03-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：47-53