10.13275/j.cnki.lykxyj.2018.05.002
基于马尾松干旱转录组的抗旱功能SSR位点分析
[目的]了解马尾松干旱胁迫转录组序列的功能分布和SSR位点分布特征,并探索与干旱关联的SSR位点.[方法]对马尾松幼苗进行持续干旱胁迫,选取干旱10、15、25 d及正常供水对照的马尾松针叶样品,通过总RNA提取、Illumina测序、raw reads去冗、Trinity拼接获得unigenes.利用Blast比对,对Unigene序列进行GO、KOG、KEGG功能注释及分类;利用Misa软件进行SSR位点批量搜寻,primer 3.0软件进行规模化SSR引物设计;利用GOSeq(1.10.O)、KOBAS(v2.0.12)软件对差异表达的含SSR位点Unigene进行GO、KEGG显著性富集分析.[结果]马尾松转录组194 821个Unigene中,101 806个Unigene获得注释,包含64 943个GO功能注释、35 880个KOG功能注释及30 882个KEGG注释.搜寻到6 728个SSR位点,分布于6 367个Unigene中,SSR出现频率为3.45％;重复类型以单、三、二核苷酸为主,分别占总SSR的35.82％、33.03％和25.22％;重复基序以A/T、AT/AT、AG/CT、AGC/CTG、AAG/CTT为主;基序长度以10～20 bp的短序列SSR为主;基序重复次数以5～10次重复占优势;批量设计13 338对SSR引物.422个含SSR位点Unigene具有差异表达;KEGG富集分析发现,有11个含SSR位点的差异Unigene参与了光合作用、植物激素信号传导及类胡萝卜素合成等3个与干旱响应相关的代谢途径.[结论]从较高质量的马尾松转录组中获得101 806个具有注释的Unigene;从6 367个Unigene中挖掘出6 728个SSR位点;422个含SSR位点的差异表达Unigene中筛选出11个与干旱关联的SSR功能位点,为抗旱功能基因定位及马尾松抗旱分子机制研究奠定基础.
马尾松、转录组、基因注释、SSR、基因差异表达
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S718.46(林业基础科学)
国家自然科学基金课题31260183;国家科技支撑课题2015BAD09B0102;贵州省重大专项课题黔科合重大专项字[2012]6001;贵州大学研究生创新基金研农2015006
2018-11-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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