山核桃寡核苷酸探针开发及其应用

摘要：

[目的]利用山核桃全基因组测序数据,为山核桃开发一些寡核苷酸类型的染色体物理标记,并建立起山核桃寡核苷酸探针开发方法,以期为其他山核桃品种相关研究提供参考.[方法]以山核桃、湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃、贵州山核桃、薄壳山核桃及喙核桃为材料,利用Tandem Repeat Finder软件分析山核桃基因组中的重复序列,按照Period size>4,Copy number>100,且Period size * Copy number>3000的筛选条件对重复序列进行筛选,根据筛选结果合成了约 60条寡核苷酸探针,利用荧光原位杂交技术对这些探针进行筛选.[结果]1)sht-2、sht-3、sht-4、sht-5、sht-5S及sht-45S均可在山核桃染色体上产生相应的荧光信号,且sht-2、sht-3、sht-4及sht-5在山核桃染色体上的分布模式相同,有 2对强弱不同的信号存在,sht-45S在山核桃染色体上有 1对信号存在,sht-5S仅在山核桃单条染色体上有 1个信号位点分布,这些探针均位于染色体的近着丝粒区域.2)sht-5的 2对信号位点中,其中较强的 1对位点与sht-45S的信号位点在山核桃染色体上分布位置完全重叠.3)45SrDNA与sht-45S在山核桃染色体上分布位置完全重叠,5SrDNA与sht-5S在山核桃染色体上的分布位置也完全重叠.4)sht-5在湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃及贵州山核桃染色体上均有信号分布,且与山核桃分布模式相似,但sht-5在喙核桃及薄壳山核桃染色体上没有信号.5)sht-5S及sht-45S在湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃、贵州山核桃及薄壳山核桃染色体上均有信号分布,但在喙核桃染色体上没有信号分布.6)sht-45S在湖南山核桃、大别山山核桃及贵州山核桃染色体上的分布模式相似,均只有1对位点存在,sht-45S在薄壳山核桃染色体上有 2对位点存在,位于 2对同源染色体的近着丝粒区域.7)sht-5S在云南山核桃、贵州山核桃、大别山山核桃及薄壳山核桃 4个山核桃种染色体上的分布模式相似,均只有 1对信号位点存在,位于 1对同源染色体上的近着丝粒区域,在湖南山核桃染色体上有 2种不同的分布模式,第一种分布模式具有 1个单独的信号位点,第二种分布模式中,具有2个强弱不同的荧光信号,均位于染色体的近着丝粒区域.[结论]1)sht-2/3/4/5、sht-5S及sht-45S可作为分析山核桃、湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃及贵州山核桃染色体的物理标记.2)sht-5S及sht-45S可代替质粒 45SrDNA和 5SrDNA,用来对山核桃、湖南山核桃、云南山核桃、大别山山核桃、薄壳山核桃及贵州山核桃染色体进行分析.

关键词：山核桃、重复序列、寡核苷探针、染色体、寡核苷酸荧光原位杂交

所属期刊栏目：59

分类号：S718.43(林业基础科学)

资助基金：浙江省农业新品种选育重大科技专项;安徽省科技厅长三角科技创新联合攻关专项

在线出版日期：2023-08-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：88-99