基于转录组序列的楠木SSR分子标记开发
【目的】通过对楠木转录组数据的分析，开发楠木 SSR分子标记技术，为楠木遗传多样性分析和资源保护提供保障。【方法】将楠木高通量转录组测序获得的67331条 Unigene进行简单重复序列( SSR)位点挖掘和分析，并结合引物验证，初步证明其可行性。【结果】通过软件分析，共获得9405个 SSR 位点，出现频率为13.97%，涉及序列数量为6667条，发生频率为9.90%。SSR序列中包括166种重复基元类型，其中，单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型，SSR位点数分别为3890(41.36%)，2885(30.68%)，2489(26.46%)。SSR 位点重复次数差别较大，其中重复10次比例最高，SSR 位点数为1621(17.24%)，其次是5次(1549，16.47%)和6次(1495，15.90%)。主导重复基元类型为 A/T(40.67%)，AG/CT(27.59%)，AAG/CTT(11.29%)。运用多态性分析的方式初步验证了 SSR位点在楠木标记中的可行性。同时，利用 Primer 3.0进行引物设计，随机筛选18对进行验证，9对引物可以扩增出预期大小的条带。【结论】通过对楠木高通量转录组序列的 SSR 信息的研究，获得6667条 SSR序列，主导重复类型为 A/T，AG/CT和 AAG/CTT。同时随机挑选18对引物对 SSR分子标记方法进行验证。本文对楠木 SSR标记的研究将有助于楠木基因挖掘、分子标记育种和资源保护。
楠木、转录组、SSR
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S718.46(林业基础科学)
国家自然科学基金31200504
2017-01-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共8页
71-78
