杉木转录组SSR挖掘及EST-SSR标记规模化开发
[目的]为解决杉木SSR标记数量不足、已开发的位点多态性较差等问题,以杉木转录组测序数据为基础,结合多重PCR技术批量挖掘SSR,规模化开发EST-SSR位点,为杉木分子遗传学研究奠定良好基础.[方法]杉木转录组序列数据(Accession:SRX151872)从NCBI的SRA数据库下载.利用CLC和CMiB软件批量挖掘SSR位点;利用四色荧光标记通用引物多重PCR(multiplex-PCR)技术实现SSR标记的规模化开发.[结果]杉木转录组de novo assembly序列拼接共得到35 633个contigs,总长度31.5 Mb,其中最小拼接长度155 bp,最大23 794 bp,平均长度884 bp.得到2 156个SSR位点,分布于1 822个contigs中,其中256个contigs中包含1个以上SSR位点,复合型SSR数量为118个,SSR平均分布密度为68.4个/Mb.不同SSR重复单元(motif)中,三核苷酸SSR重复单元数量最多,占总数的41.7％.批量引物设计得到1 582个有效位点的引物对,占SSR位点总数的73.4％.利用四色荧光标记通用引物多重PCR检测技术,对35个候选标记位点进行多态性检测,其中28个位点具有多态性,多态性位点比例达到80％,检测位点多态信息含量(PIC)平均值为0.573,表明所开发的EST-SSR位点具有很高的多态性.PCA分析结果表明,28个EST-SSR多态性位点具有很强的鉴别杉木不同地理种源,甚至同一种源不同单株的能力.[结论]将转录组SSRs挖掘和四色荧光标记通用引物多重PCR技术相结合,成功建立杉木EST-SSR高效开发流程和方法,得到较多高质量的EST-SSR标记位点,这些位点已用于后续杉木遗传多样性保护研究.与传统SSR标记位点开发技术相比较,转录组海量序列为高质量多态性位点的选择可提供充足的数据保证.四色荧光标记通用引物基因分型结果清晰、稳定可靠,不但试验成本仅为原来的10％～15％,而且结合多重PCR扩增技术,可使试验效率提高5～6倍.新方法的建立和应用不仅能促进杉木分子遗传学相关研究,而且对其他非模式生物或新物种SSR标记开发也具有重要的参考作用.
杉木、微卫星标记、EST-SSR、转录组、序列从头拼接
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S718.46(林业基础科学)
国家自然科学基金;湖南省自然科学基金
2016-02-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共10页
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