猴头菌MnP1基因全长cDNA克隆及生物信息学分析
【目的】克隆猴头菌 CB1锰过氧化物酶( MnP)基因，用于分析 He-mnp1基因及蛋白序列、基因的结构与功能，为研究猴头菌 MnPs基因功能、转录调控和构建优良工程菌株提供参考。【方法】根据 GenBank 中已报道的白腐菌MnPs基因cDNA序列的保守区域设计引物，采用简并PCR、逆转录RT-PCR、cDNA末端的快速扩增( RACE)等方法扩增出全长 cDNA基因序列，命名为 He-mnp1( GenBank 登录号为 HM116841.3)，并对其猴头菌 He-mnp1基因进行生物信息学的分析。通过 NCBI 数据库进行 BLAST 同源搜索； ORF Finder 查找该基因的完整开放阅读框( ORF)；利用Expasy数据库和BioEdit软件预测He-mnp1蛋白质的理化特性及氨基酸的组成；同时进行亲/疏水性及跨膜区的分析；采用 SignalP 4.1软件进行蛋白信号肽的预测；并利用 Clustal W 和 MEGA 5.1软件对 He-mnp1蛋白序列同源性比对和构建白腐菌MnPs系统发育树；利用数据库Conserved Domain Database( CDD)蛋白保守结构域的预测，查看 He-mnp1血红素、基质及锰、钙等结合位点；采用 PredictProtein 软件和 SWISS-MODEL 软件进行He-mnp1蛋白二级结构的预测和同源三维建模。【结果】该基因 He-mnp1的 cDNA 全长1279 bp，完整开放阅读框1080 bp，起始密码子 ATG，终止密码子 TAA，5'端非翻译区有68个核苷酸，3'端非翻译区有131个核苷酸，编码蛋白359 aa；生物信息学分析表明，猴头菌 He-mnp1氨基酸组成中丙氨酸含量最高，无酪氨酸，分子量为38.18 kDa，等电点为4.35，He-mnp1的蛋白有明显的亲水区，存在81－105、121－141间有2处疏水区域，此蛋白为亲水蛋白。He-mnp1蛋白质多肽前体包含1个18 aa的信号肽及1个5 aa的中间前导短肽。【结论】蛋白系统进化分析表明He-mnp1分布在第2组群，与平菇侧耳、冬生多孔菌、变色栓菌的 MnPs亲缘关系最为接近。He-mnp1基因存在1个保守结构域，分析显示为 Class Ⅱ类的真菌血红素过氧化物酶蛋白家族。He-mnp1蛋白二级结构预测α－螺旋占30.99%，β－折叠占3.38%，无规则卷曲占65.63%，属于稳定蛋白。He-mnp1蛋白三维建模，结果得到1个 Fe 血红素，2个 Ca2+、1个 Mn2+的结合位点及组氨酸残基等。
猴头菌、锰过氧化物酶、基因克隆、生物信息学、序列分析
S718.81(林业基础科学)
国家自然科学基金;安徽省教育厅自然科学研究一般项目;国家科研启动基金
2015-07-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共10页
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