核果类果树中microRNAs的生物信息学预测及验证

摘要：

microRNA(miRNAs)是一类非编码小分子RNA,在植物生长发育、新陈代谢以及逆境生理中起重要作用.基于生物信息学的基因搜索和同源搜索,从NCBI数据库中登录的核果类果树的EST和GSS中寻找miRNAs.从核果类果树的107 982条ESTs和48 273条GSSs中搜寻到了11条miRNAs前体序列,编码11条成熟体序列,并预测到19个靶基因,分别编码与生长发育、新陈代谢和转录调节等相关的蛋白.利用miRbase数据库进一步分析表明:11条miRNAs属于8个microRNA家族,分别来自桃和梅,其大小为20 ～ 23 bp,其中6条为21 bp,而且ppe-miR162a和ppe-miR164f保守性最高.采用poly (A) RT-PCR方法随机对预测的ppe-miR156h,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a进行组织表达验证,发现ppe-miR156h在果梅花芽中表达,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a在桃叶片中表达.

关键词：microRNA、生物信息学预测、李属、核果类果树、表达序列标签、基因组勘测序列

所属期刊栏目：48

分类号：S718.46;Q943.2(林业基础科学)

资助基金：国家自然科学基金;江苏省科技基础设施建设计划

在线出版日期：2012-06-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：75-81