精氨酸侧链与生物小分子间离子氢键强度的快速计算

摘要：

提出了1种快速模拟生物分子间离子氢键作用的新方法,并将该方法用于计算模拟带有1个正电荷的精氨酸侧链与甘氨酸二肽分子、碱基尿嘧啶分子、碱基胸腺嘧啶分子等中性分子间的N-H…O=C离子氢键相互作用.计算结果表明:新方法可以快速计算带电精氨酸侧链分子和甘氨酸二肽分子、碱基尿嘧啶分子、碱基胸腺嘧啶分子间形成的N-H…O=C离子氢键的平衡氢键键长和分子间相互作用能;得到的平衡氢键键长与从头计算MP2/6-31+G(d,p)方法得到的平衡氢键键长的绝对偏差均小于0.005 nm;分子间相互作用能与从头计算MP2.5/CBS方法得到的分子间相互作用能的绝对误差均小于8.2 kJ/mol, 相对偏差均小于5.5%;在同等计算条件下, 新方法的计算效率比从头计算方法快数千倍以上.这些结果表明新方法准确快捷, 在生物大分子体系的分子模拟领域有潜在应用价值.

关键词：离子氢键作用、精氨酸、氢键键长、分子间相互作用能、分子模拟

所属期刊栏目：40

分类号：O641.121(物理化学（理论化学）、化学物理学)

资助基金：国家自然科学基金资助项目21173109,21573098

在线出版日期：2017-05-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：47-51