ABEEMσπ-GB／SA方法计算6种氨基酸四肽溶剂化自由能

摘要：

使用ABEEMσπ浮动电荷极化分子力场，在298 K ，NVT 系综下对5种构象的A la四肽水溶液进行了动力学模拟。计算了动力学平衡态下A la四肽中非氢原子的均方根偏差。结合广义玻恩模型（GB）计算了溶剂化自由能的极性部分，使用SA 方法计算了溶剂化自由能的非极性部分。溶剂化自由能的结果表明，A la四肽αR螺旋和β折叠构象容易在水溶液中存在。使用类似方法分别对Gly ，Leu ，Val ，Asn和Asp四肽的αL螺旋构象水溶液进行了动力学研究，计算了这5种四肽的溶剂化自由能。结果表明，A sp和A sn四肽亲水性较强，Leu、Val和Ala四肽疏水性较强，Gly 四肽居中，此结论与实际相符。该类研究为ABEEMσπ浮动电荷力场用于其他生物大分子体系奠定了很好的基础。

关键词：ABEEMσπ/M M浮动电荷分子力场、四肽、分子动力学模拟、溶剂可及表面积、溶剂化自由能

分类号：O641.121(物理化学（理论化学）、化学物理学)

资助基金：国家自然科学基金项目21133005；21073080

在线出版日期：2013-12-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：502-506