系列小分子与碱基尿嘧啶间氢键相互作用的理论研究

摘要：

核酸碱基尿嘧啶分子可以使用3个不同位点与其他分子形成多种类型的分子间氢键.笔者使用密度泛函理论B3LYP/6‐31+G(d ,p)方法优化得到了系列小分子与尿嘧啶分子形成的31个氢键复合物的稳定结构,进而使用M P2/aug‐cc‐pVTZ方法计算了这些氢键复合物的结合能.研究结果表明,尿嘧啶分子更倾向作为氢键给体与小分子形成氢键.尿嘧啶分子最易使用1号位点与小分子形成氢键复合物,最不易使用2号位点形成氢键复合物.甲基取代小分子氢键受体上的氢原子会使氢键强度变强.为了深入理解这些氢键复合物体系中氢键作用的本质,还使用B3LYP/6‐31G(d ,p)方法进行了自然键轨道(NBO)分析计算.自然键轨道(NBO)分析表明,大部分氢键复合物满足二阶相互作用稳定化能之和越大,结合能绝对值越大,结合得越稳定的原则,说明共价作用在这些氢键作用中起重要作用.

关键词：尿嘧啶、氢键作用、氢键复合物、结合能、自然键轨道分析

分类号：O641.121(物理化学（理论化学）、化学物理学)

在线出版日期：2013-04-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：54-61