基于lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络构建筛选老年胶质母细胞瘤相关lncRNAs

摘要：

目的:识别老年胶质母细胞瘤患者相关lncRNA(Long non-coding RNA,长链非编码RNA).方法:从TCGA数据库下载TCGA-GBM RNA-seq、miRNA-seq、clinical数据.将样本按照年龄大于70岁和小于70岁进行分组.利用edgeR软件进行lncRNA、miRNA、mRNA的差异表达分析.利用miRanda软件分别预测miRNA的mRNA靶基因以及miRNA的lncRNA靶基因.针对筛选出的差异lncRNA和差异mRNA,进行表达相关性分析.根据lncRNA-mRNA相关性分析以及miRNA靶基因分析结果,构建ceRNA网络.结果:根据本文的筛选条件共筛选得到48个lncRNA-miRNA-mRNA调控网络.结论:筛选得到7个lncRNA及48个ceRNA网络可作为老年胶质母细胞瘤患者的生物学标志物进行研究.

关键词：老年患者、胶质母细胞瘤、lncRNA、ceRNA网络

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资助基金：国家自然科学基金81602205;广东省恶性肿瘤表观遗传与基因调控重点实验室基金2017B030314026

在线出版日期：2019-06-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：114-117