辣椒SSR标记的开发和高密度遗传连锁图谱的构建

摘要：

为了方便辣椒的标记辅助育种和遗传分析,我们利用辣椒基因组富集文库和公共数据库辣椒的cDNA序列,从中开发了一批非冗余的、具有2～3个碱基基序的SSR (simple sequence repeat)标记.SSR富集文库由三种限制性内切酶(A luI、HaeⅢ、RsaI)和两种生物素标记的寡核苷酸探针b(GA)15和b(CA)15共同构建而成.从6528个克隆开发了1736个基因组SSR标记,从13003个序列中获得了1344个cDNA序列来源的SSR标记.利用自交系K9-11和MZC-180的种内杂交种(K9-11×MZC-180)获得了双单倍体分离群体,并用于遗传作图.将597个标记定位到该连锁图上,其中包括265个新开发的SSR标记.将该遗传图谱命名为KL-DH,它包括12个连锁群,覆盖了2028cM的遗传距离,标记间的平均距离少于4cM.将KL-DH图谱的框架结构与已发表的COSⅡ图谱进行了比较,并利用番茄的基因组序列来整合两个图谱.COSⅡ图谱是由C.frutescens×C.annuum种间杂种的F2分离群体构建而成.本研究所建立的种内杂交KL-DH图谱和种间杂交COSⅡ图谱在图谱长度和标记分布上比较相似,表明KL-DH图谱几乎覆盖了整个辣椒基因组.

关键词：辣椒、连锁图谱、SSR (simple sequence repeat)、番茄基因组

所属期刊栏目：11

分类号：S66;S60

在线出版日期：2013-09-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：41-50