10.16680/j.1671-3826.2019.12.07
基于GEO数据库胃癌差异表达环状RNA及其功能与通路研究
目的 利用GEO数据库胃癌环状RNA(circRNA)表达谱数据,探讨胃癌差异表达circRNA及其富集的通路和参与的功能.方法 首先在GEO数据库查询并下载胃癌circRNA表达谱数据,选择符合条件的3个数据集,分别为GSE78092、GSE100170、GSE83521,对circRNA的命名进行整合和统一,在R.3.5.0环境下应用Limma包筛选差异表达circRNA,过滤条件为校正P＜0.05,log2FC绝对值＞1.然后,利用聚类分析热图筛选在正常组织和癌组织中区分度最佳的circRNA进行深入研究,分析其潜在作用的GO功能和KEGG通路.结果 在整合数据中共发现13个差异表达circRNA,对其表达水平和组织样本进行聚类分析发现,hsa_circ_0009172、hsa_circ_0006089 在正常组织和胃癌组织中差异表达最为明显. GO功能和KEGG通路发现 hsa_circ_0009172可能在细胞粘附分子结合、转录因子活性等GO功能存在富集,可能通过P53信号通路发挥抑癌作用;而hsa_circ_0006089可能发挥钙粘蛋白结合、翻译调节活性等GO功能,可能通过癌症的转录失调信号通路、轴突引导信号通路发挥促癌作用.结论 综合GEO公共数据库胃癌circRNA表达谱芯片数据,使样本量相对充足,筛选胃癌组织与正常组织间差异表达circRNA并进行深入研究是可行的,为胃癌相关circRNA的基础研究提供有意义的参考,将来可能为胃癌的个体化治疗提供分子标志物及治疗靶点.
胃癌、差异表达环状RNA、功能、通路
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R735.2(肿瘤学)
上海市卫生和计划生育委员会科研课题重点项目201640017
2020-01-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共5页
1298-1302
