基于生物信息学方法筛选颈动脉粥样硬化进展的Hub基因及相关通路的研究

摘要：

?目的 ?利用生物信息学方法 分析筛选颈动脉粥样硬化进展的Hub基因及相关通路.方法 ?通过基因表达公共数据库(GEO)下载GSE43292和GSE28829这2个数据集.应用R语言软件合并两者的基因表达数据并进行标准化处理后,筛选出早期与晚期颈动脉粥样硬化斑块组织的差异基因.对差异基因进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析.然后,利用STRING在线工具和Cytoscape软件构建并可视化差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,再通过CytoHubba中3种常用的分析方法 和Venn图法识别它们的共同Hub基因.结果 ?共筛选出576个差异基因,其中下调基因197个,上调基因379个.这些差异基因主要参与了中性粒细胞活化、中性粒细胞脱颗粒等GO生物过程.主要调控脂质和动脉粥样硬化、细胞因子-细胞因子受体相互作用等信号通路.最终在PPI网络中,共识别出3个Hub基因,分别是LYN、SYK和HCK.结论 ?LYN、SYK、HCK为颈动脉粥样硬化进展的关键基因,或可为该病的预后和治疗提供新的分子靶点.

关键词：‚颈动脉疾病、计算生物学、基因表达谱、基因表达调控

所属期刊栏目：25

分类号：S827.3;S543;R-058

资助基金：安徽省自然科学基金2108085QH308

在线出版日期：2022-11-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：656-661