两种方法对肾小球RNA测序数据均一化效果的研究

摘要：

目的 利用不同方法对人肾小球RNA测序数据均一化效果进行了研究,寻找一种能更好地均一化处理数据的方法.方法 选取肾癌手术患者的癌旁组织,利用筛网技术提取肾小球.采用Trizol方法提取肾小球RNA,利用Ion Xpress平台进行测序.利用DESEQ2软件中的rlog和median/ratio方法对测序数据结果进行均一化.采用R package软件中的PCA进行数据分析,Pheatmap和GGPLOT2程序进行绘图.结果 Ion Xpress推荐的常规rlog方法不能很好的将数据均一化,Deseq2软件的median/ratio具有较好的数据均一化作用.通过选取8个看家基因进行了聚类分析,发现看家基因在kmeans的三个分类中未显示明显的差别,证明了数据均一化结果的可靠性.结论 Deseq2软件的median/ratio方法能够用于肾小球的RNA测序结果的数据处理,具有较好的数据均一化作用.

关键词：RNA测序、肾小球、数据均一化

所属期刊栏目：21

分类号：R285;TM855;R187+.3

在线出版日期：2021-07-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：468-471