基于生物信息学分析Mindin低表达Huh7细胞的差异表达基因

摘要：

目的 构建Mindin低表达的Huh7细胞并对其进行转录组学研究,以探索Mindin的生物学作用.方法 设计并合成Mindin干扰序列,通过慢病毒载体GV248将其导入Huh7细胞,实时定量PCR检测对Mindin转录水平的抑制效果,获得Mindin低表达Huh7细胞并对该细胞及其对照细胞进行转录组学研究,生物信息学分析表达异常基因,Pathway分析Mindin可能参与的生物学功能.计量资料2组间比较采用t检验.结果 与对照细胞相比,含干扰序列的慢病毒感染Huh7细胞后,其Mindin mRNA的敲减效率为63.8％(P=0.003).Mindin稳定低表达的Huh7细胞迁移率明显高于对照细胞(3.511±0.538 vs 1.701±0.765,t=-3.355,P=0.03).与对照细胞相比,Mindin低表达Huh7细胞有2888个上调基因,2516个下调基因.取满足|log2 FC|>2.0且P<0.05的895个差异表达基因进行GO分析和Pathway分析.Pathway分析排名前10位的Mindin参与的生物学功能依次为:肿瘤信号通路、趋化因子信号通路、系统性红斑狼疮、甘油磷酸酯代谢、神经活性配体受体相互作用、肥厚性心肌病、甘油酯代谢、MAPK信号通路、凝血与补体级联反应和基底细胞癌.结论 成功构建了Mindin低表达Huh7细胞,Mindin的生物学功能涉及广泛,包括肿瘤、趋化因子和脂代谢等方面.

关键词：Mindin、转录组、信号传导、计算生物学

所属期刊栏目：35

分类号：R575(消化系及腹部疾病)

资助基金：国家自然科学基金81500453;陕西省社发科技攻关项目S2015YFSF0363

在线出版日期：2019-11-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：2272-2277