微阵列预测分析法筛选乙型肝炎肝硬化发生的风险基因

摘要：

目的 采用基因芯片技术筛选预测乙型肝炎肝硬化发生的风险基因.方法 收集2008年4月-2010年12月于上海交通大学附属第一人民医院就诊的慢性乙型肝炎(CHB)患者40例,建立蕊片筛选风险基因队列(分为5组:S0、S1、S2、S3、S4;每组8例),肝活组织病理学检查确定肝纤维化分期(以Scheuer病理评分为标准),另留取临床资料和肝组织样本.采用人Affymetrix基因芯片技术检测CHB患者肝组织的基因表达谱,微阵列显著分析(SAM)和微阵列预测分析(PAM)筛选预测肝硬化发生的风险基因组.实时定量PCR验证风险基因mRNA在肝组织中的表达情况.分类资料采用x2检验进行比较;符合正态分布的连续变量比较采用t检验和单因素方差分析,进一步两两比较采用SNK-q检验;不满足正态分布的采用Mann-Whitney U秩和检验.结果 Affymetrix基因芯片共筛选出1674个差异表达基因,差异基因聚类分析显示肝纤维化分期不同,组间的基因表达也存在差异,从而提示基因表达谱与组织纤维化分期存在较好的一致性.以4种不同的分类法分析,SAM筛选出87个显著基因,进而采用PAM筛选出14个“高风险”基因.实时定量PCR验证得出6个风险基因(CD24、CXCL6、EHF、ITGBL1、LUM和SOX9)在各组间的(S0、S1～S3和S4)的表达差异存在统计学意义(P＜0.05),其在S1～S3组和S4组中的表达较S0组均显著上调(P值均＜0.05).结论 基因芯片分析方法筛选并验证出的6个高风险基因有助于预测CHB患者有无肝硬化发生的可能性,可以作为预测乙型肝炎肝硬化发生的诊断基因.

关键词：肝炎、乙型、慢性、肝硬化、基因表达、微阵列分析

所属期刊栏目：32

分类号：R512.62;R575.2(传染病)

资助基金：国家科技部“十二五”重大专项2013ZX10002004-002-003;国家自然基金面上项目81570547;院优秀青年培养计划061405

在线出版日期：2016-09-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1323-1329