多位点可变数量串联重复序列分析在北京家族结核分枝杆菌基因分型中的应用及位点筛选

摘要：

目的 对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研究中的应用.并以IS6110限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)为参照,筛选有效位点.方法 分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果.结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU)-12系列的HGI(Hunter-Gaston Index)值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型.VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型.结论 北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行.对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法,其分辨率能够达到MTB基因分型"金标准"IS6110-RFLP水平.

关键词：结核分枝杆菌、北京家族、限制性片段长度多态性、间隔区寡核苷酸分型、可变数量串联重复序列

所属期刊栏目：15

分类号：R59;R37

资助基金：国家自然科学基金资助项目30771916

在线出版日期：2010-07-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：957-961