求解蛋白质折叠问题的拟人算法:对PERM的改进

摘要：

PERM(Pruned-Enriched-Rosenbluth Method)是目前文献中依格点模型求解蛋白质折叠问题的最高效算法.给出了PERM算法的一种拟人解释,对算法中的权重及预测值进行了拟人化的改进,并对选择动作时不同情况下的权重计算公式进行了统一.综合这些策略得到了改进的PERM算法--人口控制算法.该算法在计算效率上有了明显的提高:对当前文献中公认的最难的4个算例的计算都达到了最优解,计算速度较PERM提高了几倍至几百倍.对于这4个难例中的3个,还找到了迄今为止文献中所没有的全新的最低能量构形.

关键词：蛋白质折叠、格点模型、PERM、人口控制、拟人策略

所属期刊栏目：49

分类号：Q8

资助基金：国家重点基础研究发展计划973计划G1998030600

在线出版日期：2004-10-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：1801-1804