基于多级优化的真核生物基因结构预测

摘要：

基因结构预测对于发现新基因、了解基因组结构规律具有重要作用, 是各类基因组计划的重要内容. 但对于真核生物, 现有基因预测方法的效果仍不理想. 为探讨多级优化的真核生物基因结构预测方法, 在将复杂的多基因结构预测问题划分为基因级(单外显子基因、多外显子基因)、元件级(外显子、内含子等)和特征级(功能位点信号、密码子使用偏好等)等多个层次上的一系列较简单子问题的基础上, 通过从简单到复杂进行逐级优化的策略, 建立了基因结构预测的多级模型, 设计了基因结构寻优的动态规划算法, 开发了真核生物基因结构预测系统GeneKey(1.0). 用广泛采用的数据集对该系统进行测试的结果表明, GeneKey(1.0)的预测精度在核苷酸、外显子和基因水平上均高于著名系统GENSCAN. Gene- Key(1.0)已提供网上服务(http://infosci.hust.edu.cn).

关键词：真核生物、DNA序列、基因结构预测、蛋白质编码区预测、多级优化

所属期刊栏目：49

分类号：Q81(生物工程学(生物技术))

资助基金：国家自然科学基金90203011;湖北省自然科学基金2002AC014

在线出版日期：2004-03-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：140-145