基于结构的CXCR4抑制剂的虚拟筛选

摘要：

目的 发现新的CXCR4抑制剂,进一步对筛选出的抑制剂与CXCR4的分子结合模型进行分析.方法 以CXCR4为靶点,应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PvRx对ZINC数据库中的化合物进行虚拟筛选.CXCR4晶体结构(PDB ID:3ODU)从PDB下载,通过AutoDockTools对结构进行处理.化合物的三维结构从ZINC数据库下载,通过虚拟筛选工具PyRx导入,转换成pdbqt格式.PyRx运行AutoDock Vina以后,筛选以后的化合物构象导入AutoDockTools进行分析,数据处理用PyMOL完成.结果 经过高通量虚拟筛选,从ZINC数据库中大约2万个化合物中得到1 000个类药小分子化合物数据库,再从中进一步筛选靶向CXCR4的抑制剂.经过对建立的化合物数据库的3轮筛选,发现了5个高活性的CXCR4抑制剂.结论 应用基于AutoDock Vina的新的虚拟筛选工具PyRx,以CXCR4为靶点,对ZINC数据库的2万个化合物进行虚拟筛选,发现5个新的CXCR4抑制剂.

关键词：CXCR4、抑制剂、虚拟筛选、PyRx

所属期刊栏目：35

分类号：Q789(基因工程（遗传工程）)

资助基金：贵州省科技厅联合基金资助项目黔科合J字LKZ[2013]21号;遵义医学院博士启动基金资助项目;遵义医学院大学生创新实验计划项目院发[2013]6502

在线出版日期：2014-10-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：44-47