草地贪夜蛾基因组微卫星的分布规律

摘要：

[目的]本研究旨在全基因组水平上分析草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda完美微卫星的分布规律并对微卫星位于外显子的基因进行GO功能分析,为开发微卫星标记并进一步开展功能研究提供数据基础.[方法]利用软件Krait v0.10.2鉴定草地贪夜蛾基因组的完美微卫星并分析其多样性;利用Python脚本对完美微卫星进行定位,分析其在全基因组不同位置的分布规律;进一步利用BLAST软件、Swiss-Prot蛋白质数据库和R包的clusterProfilerv3.14.3工具包对微卫星位于外显子的基因进行GO功能分析.[结果]共搜索到完美微卫星64025个,其中以单碱基微卫星为主,有28782个,其余依次是四碱基(19278个)、三碱基(7685个)、二碱基(5734个)、五碱基(1639个)和六碱基微卫星(907个),进一步分析发现6类完美微卫星分别以A、AC、ATC、AAAT、AAAAT和AAAGTC重复拷贝类别为主.随着重复拷贝类别碱基数目的增加,完美微卫星偏好的重复拷贝次数范围逐渐变小.除23、28和30号染色体,6类完美微卫星在其余染色体上的分布情况与其总体分布情况相一致,进一步定位于基因间区的完美微卫星有47714个,定位于基因上的完美微卫星有16311个,其中内含子区有16103个,外显子区有208个.完美微卫星位于外显子分布于196个基因,GO注释分析发现,有132个基因得到注释,所得GO条目为357个,其中122个GO条目归于细胞组分;117个GO条目与分子功能有关;118个GO条目参与到生物学过程中.GO富集条目则主要与磷酸酶和激酶活性等分子功能以及RNA聚合酶Ⅱ介导的转录等生物学过程有关.[结论]本研究初步了解了草地贪夜蛾基因组完美微卫星的分布情况,其基因组完美微卫星的总体相对丰度较低,且大量分布于基因组的非编码区,其中除了单碱基微卫星外,四碱基和三碱基微卫星的相对丰度相对较高,能为开发草地贪夜蛾多态性微卫星标记提供丰富的候选位点.

关键词：草地贪夜蛾、微卫星、基因组、染色体、功能注释

所属期刊栏目：57

分类号：Q959.6;S793.5;Q812

资助基金：四川省科技计划2019YFN0180

在线出版日期：2021-03-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：1287-1298