基于转录组数据高通量发掘沙葱萤叶甲微卫星引物

摘要：

【目的】沙葱萤叶甲 Galeruca daurica（Joannis）是近年来在内蒙古草原上猖獗发生为害的一种新害虫。本研究从其高通量转录组数据中查找微卫星序列，并进行微卫星位点的信息分析和微卫星引物的发掘，将为进一步研究沙葱萤叶甲遗传多样性及遗传分化奠定必要的基础。【方法】应用软件 MISA 对沙葱萤叶甲转录组中72352条 unigenes 的数据进行搜索。【结果】共找到3880个微卫星位点，分布于3277条 unigenes 中，其主要重复类型为单核苷酸重复（80.85%），其次为三核苷酸重复（11.08%），再次为二核苷酸重复（7.37%）。单核苷酸重复中主要是 A/T 基序，占总量的77.76%。从1814条 unigenes 中成功设计出2160对引物，从中随机选取10对引物对沙葱萤叶甲 DNA 进行扩增，结果全部扩增出目的 DNA片段。【结论】利用沙葱萤叶甲转录组数据开发微卫星引物是可行的，本研究开发的微卫星引物为研究沙葱萤叶甲种群遗传学和功能基因组学奠定了必要的基础。

关键词：沙葱萤叶甲、微卫星、高通量测序、转录组

所属期刊栏目：53

分类号：S51;R73

资助基金：Supported projects国家自然科学基金31360441

在线出版日期：2016-11-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1058-1064