杨扇舟蛾颗粒体病毒晚期表达因子的分析

摘要：

【目的】本研究对杨扇舟蛾颗粒体病毒（Clostera anachoreta granulovirus ，ClanGV）的晚期表达因子（Late expression factors，LEFs）进行生物信息学分析，并对 ClanGV 的 lefs 与其它杆状病毒的 lefs进行对比，对鉴定 lef 基因和研究 ClanGV 的感染机制具有重要意义。【方法】使用 ORF finder 在线程序进行开放阅读框（ORFs）分析，BLASTP 程序用于蛋白序列的同源分析，DNAStar 和 DNAClub 生物学软件用于对序列进行处理和分析，采用 BLAST 在公共数据库中对序列进行比对，Clustal W Version 1.8和GeneDoc 2.7用于多序列的比对和分析，用 MEGA 6.06的 NJ 法进行系统发育分析。【结果】 ClanGV 基因组包括15个 lef 基因，分别为 ie-1、lef-2、39k、lef-11、p35、p47、lef-1、lef-6、lef-5、lef-4、dnapol、lef-3、lef-9、lef-8和 lef-10。ClanGV 与云杉枞色卷蛾颗粒体病毒（Choristoneura occidentalis granulovirus， CoGV）、黄地老虎颗粒体病毒（Agrotis segetum granulovirus，AsGV）、苹果异形小卷蛾颗粒体病毒（Cryptophlebia leucotreta granulovirus，ClGV）、马铃薯块茎蛾颗粒体病毒（Phthorimaea operculella granulovirus，PoGV）和苹果蠹蛾颗粒体病毒（Cydia pomonella granulovirus，CpGV）有着较近的亲缘关系。颗粒体病毒中只有 ClanGV 和分月扇舟蛾颗粒体病毒含有 p35。ClanGV 的 lef-2的转录方向不同于其它12个颗粒体病毒。γ和δ杆状病毒分别只含有7个和3个 ClanGV 的 lef 同源基因。Clan GV 的 lefs 跟其它杆状病毒 lefs 的相似性较低，其中 ClanGV 与其它颗粒体病毒间的相似性高于 Clan GV 与核型多角体病毒间的相似性。Clan GV 的 lef-2、39k、p35、lef-5、dnapol 和 lef-9在启动子上游拥有 TATA box；p47和 lef-1在 TATA 下游20~40 bp 处还有一个 CACT 基序；lef-11、p35、lef-6、lef-5、lef-3、lef-9、lef-8和 lef-10这8个基因有晚期启动子基序 TAAG；而 p35、lef-5、lef-9和 lef-10上游既有 TATA 又有 TAAG 基序。【结论】结果为研究杆状病毒的基因功能和感染机制提供了数据基础。

关键词：杨扇舟蛾颗粒体病毒、lefs、启动子、复制、转录

所属期刊栏目：53

分类号：S43;S76

资助基金：Supported projects国家自然科学基金31570151和31272094；河南省高校重点科研项目15A210039

在线出版日期：2016-11-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1026-1035