昆虫质型多角体病毒同义密码子使用模式分析

摘要：

昆虫质型多角体病毒(cypovirus,CPV)是害虫种群重要调节因子,可用作生物防治剂.本研究采用多元统计分析方法对7种CPV进行密码子使用模式分析,结果表明:CPV密码子使用偏好性较弱,多数基因密码子使用模式受碱基组成影响,少数基因密码子使用模式除碱基组成外还有其它影响因素；中性绘图分析表明碱基组成主要受选择压力影响,受突变影响较小.同一电泳型CPV之间比同一宿主CPV之间共有的偏好性密码子多.CPV基因组内10个基因组片段之间密码子偏好性存在差异.CPV密码子偏好性与宿主昆虫密码子偏好性存在差异,所有CPV与其宿主昆虫共有的偏好性密码子均较少.对应分析进一步证明碱基组成是影响密码子使用的主要因素,不同电泳型CPV具有不同的密码子使用模式.聚类分析表明同一电泳型CPV密码子使用模式相似,同一宿主CPV密码子使用模式差异较大.

关键词：有效密码子数、ENc-plot分析、中性绘图分析、对应分析、偏好性密码子

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资助基金：现代农业产业技术体系专项CARS-22

在线出版日期：2013-10-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1020-1029