家蚕第12连锁群EST-SSR标记的筛选和分析

摘要：

为了探究家蚕Bombyx mori EST-SSR标记的多态性,对检索获得的家蚕第12连锁群的4 465条EST序列进行了分析,整理和拼接后得到581条非冗余EST序列,总长度约为480 kb.其中,有122条序列中共检测到154个EST-SSR,占所研究的EST序列的2.73％,平均每3.12 kb含有一个EST-SSR.在所检测的EST-SSR中,三核苷酸和四核苷酸重复是主导类型,分别占总数的36.36％和28.57％,大部分表现为Perfect形式；核苷酸重复平均长度约为16.2 bp,最长为30 bp.进一步进行同源性分析,发现有26条序列可以在NCBI中检索到同源序列,在这些序列中一共含有40个SSR,其中14个(35.0％)位于5’-UTR,11个(27.5％)位于3’-UTR,15个(37.5％)位于CDS区.根据筛选到的微卫星序列没计11对引物,其中8对引物有扩增产物,目条带清晰；应用引物ES1204对8个家蚕品种进行PCR扩增都呈现多态性.结果说明通过家蚕EST数据库发掘SSR标记是一条可行的途径.

关键词：家蚕、连锁群、表达序列标签、EST-SSR标记、多态性

所属期刊栏目：54

分类号：Q963(昆虫学)

资助基金：重庆市蚕桑重大科技专项项目CSTC;2009AA1024

在线出版日期：2012-03-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：1223-1230