10.19386/j.cnki.jxnyxb.2021.08.001
甜荞根转录组SSR位点特征分析
对甜荞根转录组的SSR位点进行了统计分析,并设计了引物.利用Misa软件在长度大于200 bp的55392条Transcripts中,共检索到3906个SSR位点,出现频率为1/1.709 kb.随着Transcripts长度的增加,含SSR序列的比例和SSR分布频率均增加.单、二和三核苷酸重复类型共占SSR位点总数的95.80%,其中单核苷酸重复数量最多,占48.13%;(A)n、(AG)n和(AAG)n分别是单、二和三核苷酸重复的优势基序,分别占47.51%、7.65%和9.49%.SSRs数量随着基序重复次数的增加而减少.10次(25.45%)、6次(15.34%)和5次(20.71%)重复的SSR数量最多.基于Krait v0.10.2软件共成功设计了1183对SSR引物,其中3对来自黄酮生物合成关键基因.
甜荞;根;转录组;SSR;特征
33
S517(禾谷类作物)
国家现代农业产业体系荞麦育种岗位科学家专项;贵州省科技支撑项目;贵州省荞麦种质资源保育及创新重点实验室建设基金
2021-11-17(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
共5页
1-5