三角鲂肝脏EST序列微卫星信息分析

摘要：

利用RNA-Seq技术对三角鲂的肝脏进行了转录组测序,获得了大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析.结果表明,通过转录组测序获得三角鲂EST序列62780条,长度31.9 Mb,发现8853个SSR,出现频率为14.1％.在三角鲂EST-SSR中,重复单元以1～2碱基重复为最多,并以长度小于16 bp的短重复序列为主,间隔SSR和复合SSR的EST序列RPKM均值低于单纯型SSR的EST序列RPKM均值,且在单纯型SSR中SSR长度越长,其RPKM均值则越低.因此,对富含SSR位点的EST序列的挖掘将为开发SSR特异性标记,并应用于三角鲂生物多样性和选育提供了参考.

关键词：三角鲂、表达序列标签、微卫星、序列分析

所属期刊栏目：28

分类号：Q785(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家大宗淡水鱼产业技术体系CARS-46-43;三角鲂良种繁育及产业化发展项目浙江省杭州市财政专项“三角鲂良种选育与生态养殖”

在线出版日期：2016-08-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：87-91