独行菜抗逆相关转录因子LaDREB密码子偏性与进化分析

摘要：

[目的]为明确独行菜抗逆相关转录因子LaDREB基因密码子的使用特性.[方法]运用CodonW与EMBOSS程序及Excel、SPSS、MEGA等软件,分析了独行菜与其他物种中抗逆相关转录因子DREB基因的密码子使用偏好性,比较了独行菜LaDREB基因与模式生物的密码子使用频率.[结果]独行菜LaDREB基因的ENc(有效密码子数)、CAI(密码子适应指数)和GC含量分别为50.49、0.261和45.60％,表明其密码子使用偏性较弱,密码子偏好使用AT结尾;根据RSCU值,确定独行菜LaDREB基因高频密码子11个;不同物种间的DREB基因的密码子存在一定选用偏好性;CDS序列及RSCU聚类分析表明,独行菜LaDREB基因与双子叶植物中十字花科的植物偏好性最相近;密码子碱基成分和相关性分析发现,LaDREB基因在进化过程中密码子偏好性主要受碱基突变压力的影响.[结论]比较密码子使用频率分析发现,原核生物大肠杆菌表达系统更适合作为独行菜LaDREB基因的异源表达受体,模式植物拟南芥、水稻均可作为独行菜LaDREB基因的遗传转化受体,其中拟南芥是其最理想的遗传转化受体.研究为今后独行菜LaDREB基因的异源表达以及相关基因功能的进一步研究提供重要参考.

关键词：独行菜、DREB转录因子、密码子偏性、聚类分析

所属期刊栏目：42

分类号：Q755;Q811.4(分子遗传学)

资助基金：国家自然科学基金项目;喀什大学校级科研项目

在线出版日期：2021-01-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：1237-1249