蕙兰GAPDH基因的全长克隆及生物信息学分析

摘要：

根据GenBank中已登陆的GAPDH基因的同源核苷酸保守序列,设计简并引物,采用RT-PCR的方法得到5个875 bp的片段,分别命名为CfGAPDH1-CfGAPDH5,GenBank登录号分别为JN177722-JN177726.同时结合RACE方法得到蕙兰GAPDH基因cDNA全长,命名为CfGAPDH(JX560732),该序列cDNA全长为1 496 bp,具有完整的开放阅读框(ORF,173-1 195 bp),编码340个氨基酸,该基因编码的氨基酸序列与其他植物的GAPDH蛋白有较高的同源性(80％以上).系统进化分析表明蕙兰CfGAPDH基因核苷酸序列与墨兰GAPDH1、GAPDH2和春兰GAPDH1的同源性最高(99％),所编码的氨基酸序列与墨兰GAPDH2的同源性达100％.生物信息学分析推测,该基因编码的蛋白残基主要有两个卷曲螺旋区域,分别位于25和250位点附近,属于不稳定蛋白,亲水性较强,初步推断CfGAPDH是一个胞质型GAPDH,二级结构中的β转角所占比例较高(41.2％),三级结构与春兰和小麦非常相似.

关键词：蕙兰、GAPDH、RACE、生物信息学

所属期刊栏目：35

分类号：S682.31(观赏园艺（花卉和观赏树木）)

资助基金：河南省重点科技攻关项目092102110128;郑州市科技计划项目112PPTGY250-3

在线出版日期：2013-10-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：870-877