基于流式细胞术和基因组Survey的花榈木基因组大小及特征分析

摘要：

花榈木是重要的材用、药用及园林绿化树种,国家二级重点保护野生植物.由于基因组数据缺乏,导致花榈木基因资源开发和分子机制研究相对滞后.本研究通过流式细胞术和基因组Survey分析方法对花榈木基因组大小进行估测,获得花榈木基因组重复系列比例、基因组杂合度以及GC含量等信息.经流式细胞术测定,得知花榈木基因组大小约为3 Gb.对花榈木基因组测序数据采用K-mer 17进行分析,得到花榈木基因组大小为3.01 Gb,与前者所得结果基本一致;杂合率为1.04％,重复序列比例为82.23％.采用K-mer 41进行组装,得到的contig N50为656 bp,总长为1343713339 bp,scaffold N50为762 bp,总长为1364689951 bp.根据各信息分析,得知花榈木基因组为高复杂基因组,本研究结果可以为后续基因组组装相应策略提供参考.

关键词：花榈木、基因组大小、流式细胞术、基因组调查分析

所属期刊栏目：50

分类号：S792.99;Q789(森林树种)

资助基金：江西省林业科学院重大科研;推广专项项目;推广专项项目;江西省林业科学院博士启动项目

在线出版日期：2023-02-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1-5