南酸枣转录组SSR序列特征分析及其分子标记开发

摘要：

为了开发南酸枣植物的微卫星分子标记,本研究基于Illumina-HiSeq 2000测序平台对南酸枣叶片和果实的转录组进行高通量测序.利用MISA软件对获得的转录组数据库进行搜索与分析,共鉴别出15 168个SSR住点,SSR住点的发生频率为25.52％,平均分布距离3.98 kb,以单核苷酸重复类型相对比例最高,占总数的62.32％,二核苷酸重复类型和三核苷酸重复类型分别占18.74％和17.47％.利用GenScript在线软件设计出150对SSR引物,以不同来源南酸枣4个无性系DNA样品对150对SSR引物进行扩增效率检验,发现有115对引物可扩增出清晰条带,其中25对引物具有多态性.本研究结果表明,利用高通量测序技术开发南酸枣SSR分子标记是一种简单而高效的途径,可为南酸枣的居群遗传多样性、遗传结构以及种质资源鉴定研究奠定基础.

关键词：南酸枣、转录组、高通量测序、SSR标记

所属期刊栏目：47

分类号：S794.9(森林树种)

资助基金：江西省重点研发计划项目20161BBF60123

在线出版日期：2019-08-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：12-15