紫芝基因组rDNA序列特征及ITS2二级结构比较

摘要：

紫芝栽培品种'紫芝S2'(武芝2号)的ITS序列与NCBI数据库中5个紫芝菌株/分离株相似度高达99.79％-100％,在系统进化树上相聚成一类.本研究预测'紫芝S2'基因组与参考基因组中的rRNA基因簇,分析rDNA结构及各构件序列间的多态性.从高质量'紫芝S2'基因组中挖掘得到完整rDNA,序列全长40.377 kb,由4组串联重复的(18S、5.8S、28S、5S)rRNA基因簇组成,并含有完整的基因内间隔区(ITS1、ITS2)和基因间间隔区(IGS1、IGS2).在紫芝S2的rDNA中,高度保守的28SrRNA基因间出现3个SNP和2个插入(1bp,10bp)位点;虽然第4条ITS2中有1个SNP位点,但紫芝S2的4条ITS2在二级结构上的分子形态高度一致,与ITS2数据库中其他紫芝菌株仅存在螺旋区间夹角的微小差异.由'紫芝S2'基因组rDNA的ITS2生成的DNA条形码与二维码,可以作为该栽培品种鉴定与同源物种其他菌株鉴别的分子标记.

关键词：基因组、完整rDNA、基因内间隔区、ITS2二级结构、紫芝

所属期刊栏目：42

分类号：R282.5;Q523.8;S718.8

资助基金：福建省农业科学院创新团队建设项目;福建省公益类科研院所竞争性项目

在线出版日期：2023-03-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共14页

页码：330-343