双孢蘑菇基因组密码子的偏好性分析

摘要：

双孢蘑菇Agaricus bisporus是世界上最广泛栽培的食用菌之一.本研究通过分析双孢蘑菇基因组密码子使用偏性,探讨密码子偏性的影响因素及其对基因表达的影响.以双孢蘑菇基因组和转录组数据为依据,分析了双孢蘑菇基因组基因、高表达基因(high expression gene,HEG)和低表达基因(low expression gene,LEG)的密码子使用性.发现双孢蘑菇基因组编码基因平均GC含量为49.08％,T3s值(35.59％)最高,平均ENC值偏高,多数基因表达潜力较低.共鉴定出14个最优密码子,均以C或T结尾,并且遵循密码子中嘌呤和嘧啶使用的均衡性原则.高表达基因具有更强的密码子偏性,进化过程中受到基因突变和自然选择等多种因素影响.基因表达与G/C碱基含量和CAI值呈极显著正相关.高表达基因编码了多种与真菌生长发育相关的蛋白和酶类.研究结果明确了双孢蘑菇基因密码子的使用偏性,为双孢蘑菇转基因育种和品质改良提供了参考.

关键词：双孢蘑菇、基因组、密码子偏性、最优密码子、基因表达

所属期刊栏目：40

分类号：S89;U4;Q943.2

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;云南省地方本科高校基础研究联合专项

在线出版日期：2021-04-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：603-615