蛋白质折叠过程中自回避搜索的算法研究

摘要：

蛋白质折叠是一个复杂的演化过程.目前广泛采用HP格子模型,可以使分子内部连续的结构空间离散化,减少分子内部的自由度,从而较有效地研究蛋白质的折叠机理.在格子模型中,自回避路径的确定是搜索折叠构象的关键.文章在基于二维HP格子模型基础上,提出了一种简捷快速的自回避路径搜索算法,并在计算机上进行实例检测及模拟,产生效果较好的蛋白质折叠构象.但对于长序列,自回避路径折叠搜索计算时间将呈指数增长.为了更真实地模拟蛋白质折叠过程,文章进一步探讨了建立并行HP格子模型思路,对较长序列的折叠,其折叠过程不会因为序列长度的增加而快速增大模拟的复杂度,且符合生命的演化规律.

关键词：蛋白质折叠、HP格子模型、自回避路径

所属期刊栏目：23

分类号：Q51(蛋白质)

资助基金：国家自然科学基金70371063

在线出版日期：2005-09-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：43-46